Entre las primeras impresiones registradas sobre el sitio, encontramos las publicadas en 1790 en las Gacetas de Alzate, donde se hace referencia al nombre de Cantona, y no es sino hasta 1855 cuando Henri de Saussure visita la zona y deja asentado que: «Los indios de los alrededores le llaman la ciudad de o del Cantón».
Según Ignacio Bernal y Lorenzo Gamio, Yagul significa “Árbol” o “Palo Viejo”.
En la Relación Geográfica de Oaxaca se dice que Teozapotlán, que en zapoteco se llama Zaachila, significa “Dios de la Zapoteca”. Fray Juan de Córdova afirma que en la composición intervienen las palabras Zaa, que designa a la primera de las hijas, y chila, nombre del primer día del año ritual (piyé) zapoteco.
Mictlán, que en náhuatl significa “lugar de los muertos”, fue el nombre que dieron los Mexicas a este lugar. El nombre zapoteco es Lyobáa, identificado como “lugar de descanso”, “sepultura”, “tumba”, “lugar abundante en cadáveres” o “cementerio”, por diversos autores.
Algunos investigadores consideran que Lambityeco significa “cerros de alambique” (compuesto por la palabra española alambique y de la zapoteca pytec ´cerros´); otros proponen que se trata de un vocablo zapoteco, ya transformado, equivalente a “loma hueca”. La zona arqueológica de Lambityeco forma parte de un asentamiento mucho mayor, conocido como Yeguih (“cerrito” en zapoteco).