Proviene del náhuatl, del vocablo chimalli que significa “escudo”, de la partícula posesiva hua y de la terminación can, que indica “lugar”, “lugar donde tienen escudos”.
Calixtlahuaca cuyo significado en náhuatl es: lugar de casas en la llanura.
Acozac es conocido como Ixtapaluca que en náhuatl significa “en el camino de lajas”, se le otorgó el nombre de Acozac por encontrarse en los terrenos de la antiguamente Hacienda de Acozac.
El nombre de Yohualichan ha sido interpretado como La casa de la noche, designación de origen nahua que quizá esté asociada a la profusión de cavernas en la región, las cuales pudieron ser el modelo, estilizado, de los nichos que caracterizan a las estructuras en el sitio.
Tepexi significa en náhuatl: roca partida o escarpada. Proviene de los vocablos Tetl, piedra y Pexic, partir o cortar.