Se desconoce el nombre original del asentamiento. Dzibanché es el nombre que Thomas Gann (médico militar y arqueólogo amateur inglés) asignó al sitio durante su visita en 1927. Es un vocablo maya que significa “escritura en madera” y hace alusión a los dinteles de madera tallada ubicados en los vanos del Templo del Edificio VI, los cuales fueron retirados para garantizar su conservación.
No se tienen evidencias que permitan conocer el nombre que tuvo el sitio en la época prehispánica, por lo cual se retomó el nombre del Ejido donde se ubica, y que puede traducirse del maya como “Lugar del maíz colorado”.
Algunas inscripciones jeroglíficas encontradas en estelas y paneles del sitio nos permiten afirmar que Cobá fue el nombre original de la ciudad. Uno de los posibles significados y el más plausible, dada su cercanía a las lagunas, es el de “agua picada”.