La palabra Dzibilchaltún está formada por cuatro vocablos mayas: Dzib, escritura; il, locativo; chal, plano; y tun, piedra; lo que puede traducirse como “lugar donde hay escritura en las piedras planas”.
El toponímico Acanceh (pronúnciese "akankej") significa en idioma maya 'quejido de venado' por provenir de los vocablos Áakam, 'quejido' y kéej, 'venado' (Odocoileus virginianus yucatanensis).
El sitio recibe el nombre con el que generalmente se conoce al cerro que lo alberga: “Cerro de la Estrella”, data de la época hispánica por una hacienda que se encontraba en sus faldas con este nombre (Hacienda de la Estrella), dicha elevación (225 metros de altura) en la época prehispánica tuvo el nombre de Huixchtecatl.