“Las Cuarenta Casas” es el nombre con el que la población de la región bautizó al sitio, refiriéndose a un número indeterminado de abrigos rocosos con vestigios arqueológicos y aludiendo al número cuarenta por decir “muchas”.
Esta urbe ha recibido distintos nombres a través del tiempo. Para 1871-1872 Rito Zetina, quien hace la primera referencia concreta al sitio, la menciona bajo el nombre de Mench. En 1881, Edwin Rockstroh quien trabajaba para la Comisión de Límites entre México y Guatemala, se refiere a ella como Bol Mench. Alfred P. Maudslay la llamó Menhé Tinamit (“la ciudad de la selva joven”), nombre poco apropiado, ya que está compuesto de una palabra maya y otra náhuatl; Charnay usó el nombre de Lorillard, en honor a Piérre Lorillard quien proporcionó fondos para su expedición. Por último, Teobert Maler, tomando el nombre de un arroyo cercano en cuyo cauce se ven piedras verdosas, aplicó a las ruinas el nombre de Yaxchilán, que es el que han conservado hasta hoy.
El nombre con el que actualmente se conoce a la ciudad, Toniná, procede de una palabra en el idioma tzeltal, teniendo el significado en español de La casa de piedra o El lugar donde se levantan esculturas en piedra en honor del tiempo, nombre que constituye una buena descripción del lugar.
Tenam proviene de la voz náhuatl tenamitl que significa “fortificación”, “Muro” o “defensa”. El diccionario tojolabal – español registra la misma palabra como “olla delgada, tinaja”. Por su parte Franz Bloom menciona que el nombre Tenam se asigna a un grupo de ruinas en la región de Comitán ubicados preferentemente en la parte superior de las serranías. El segundo nombre corresponde al de la antigua finca El Puente, localizada en lo que en la actualidad es la colonia de Francisco Sarabia. En los alrededores de la región se tiene varios sitios registrados con el prefijo Tenam y la asignación de la finca o rancho correspondiente, por ejemplo: Tenam Rosario y Tenam Soledad.
Se conoce al sitio como “Lagartero” desde 1972, cuando llegaron los primeros colonos, ya que entonces abundaban los lagartos en la Ciénega. El río lleva además el nombre de Lagartero.