Malpasito deriva su nombre del poblado ejidal Malpaso Huimanguillo Tabasco, en alusión a lo accidentado del relieve en la región. Existen dos lugares más con el mismo nombre: el ejido Malpasito municipio de las Choapas Veracruz y el poblado Raudales de Malpaso cabecera del municipio Mezcalapa en Chiapas.
Se desconoce el nombre prehispánico del lugar. La zona arqueológica adquiere su nombre por el hecho que allí se realizaba la venta de maderas preciosas a finales del siglo XIX y principios del siglo XX, según la tradición oral.
El nombre de Comalcalco significa en idioma Náhuatl “En la casa del comal”, según fuentes históricas de 1564, del Archivo General de Indias. Su nombre original en idioma Cholano fue Joy Chan, que significa“Cielo enrollado”, según los estudios epigráficos en el sitio.
El nombre de la zona deriva de la cantidad de petrograbados que existen entre la superficie de la arena y parte del mar, se localizan un grupo de rocas con manifestación rupestre distribuidas en una franja costera. Es uno de los sitios de grabados más importantes del noroeste de México.
A la llegada del Padre FranciscoKino al valle del Magdalena, acompañado del capitán Mateo Manje,vieron las terrazas del Cerro de Trincheras, y bajo el concepto militar, el acompañante de Kino, mencionó que se trataban de trincheras de uso bélico. Desde aquel momento se le conoce como Cerro de Trincheras.