En el siglo XVII, los religiosos jesuitas llegaron a la península de Baja California para evangelizar la región. Allí, cerca de Loreto, en lo que ahora es Baja California Sur, fundaron la misión de San Francisco Javier de Viggé Biaundó, cuyo nombre se conformó en honor de Francisco de Jasso y Azpilicueta, y los topónimos en lengua cochimí: viggé biaundó, los cuales se podrían traducir como “tierra alta en los altos de las cañadas”.

Aunque el templo comenzó como una capilla de adobe, su construcción continuó con un estilo barroco en el que se destacan su fachada y contrafuertes. A ésta se le ha considerado como la joya de las misiones de Baja California.