El nombre del sitio se debe a la antigua existencia de una planta llamada “cola de gato” (xpuh, en maya yucateco); il es un sufijo que indica “lugar de”). La planta crecía alrededor de una aguada hoy prácticamente desaparecida por el crecimiento urbano.
Tohkok significa en maya yucateco “Verdadera Medida” (toh-verdadero/K’ok’-medida), o bien “Ruiseñor Verdadero” (kok–ruiseñor).
Su nombre proviene a fines del siglo XX, ya que a poca distancia al norte del sitio, vivía una persona procedente del Estado de Tabasco. Eso motivó a que el explorador Teobert Maler, primero en documentar los vestigios mayas, llamara así a la zona arqueológica.
El sitio se localiza próximo a la capital del estado, al norte del poblado de Kankí y a 16 kilómetros al sureste de Tenabo, cerca de la Carretera Campeche-Pomuch.
“Hochob significa “mazorcas de maíz”, topónimo dado al sitio a fines del siglo XIX, cuando Teobert Maler lo descubrió y registró el nombre de la zona arqueológica.
“El Tigre” ha sido identificado por diversos autores como el Itzamkanac de las fuentes históricas. El nombre con el que se le conoce actualmente corresponde al del ejido en el que se encuentra. Acalán, o “Lugar de Canoas”, es el nombre con el que se conocía a la provincia prehispánica del grupo maya chontal asentado a orillas del Río Candelaria.
Hormiguero toma su nombre de un campamento chiclero que existió cerca de los vestigios arqueológicos en la década de los 30, del siglo pasado, cuando Karl Ruppert y John Denison recorrieron la región.
Itzá es el nombre de un linaje de origen chontal que se estableció en el sitio. Por extensión, los pobladores de otros asentamientos se referían a los habitantes de esta antigua ciudad maya como “Itzáes”; de aquí proviene su nombre: Ytzná / Edzná: “Casa de los Itzáes”.
Chunhuhub significa en maya “tronco del árbol pinus caribea”, conocido en la región como “Huhub”
el ingeniero Jack Eaton, refiriéndose a la Estructura II, que tiene en su fachada oeste un gran mascarón que representa al Monstruo de la Tierra.
Calakmul significa en maya “Dos Montículos Adyacentes” (Ca dos, Lak adyacentes, Mul montículo artificial o pirámide), nombre que hace referencia a las dos grandes estructuras que dominan la selva.
La existencia de un foso que rodea el área nuclear de Becán determinó su nombre, que en maya yucateco significa “Camino o cavidad dejada por el correr del agua”, nombre que hace referencia al rasgo más notable del sitio: un foso que rodea los principales conjuntos arquitectónicos comprendidos por los edificios más voluminosos y elevados del sitio.
Hasta hace pocos años los lugareños se referían al sitio como la Cueva del Indio, pero cuando se empezaron a encontrar más conjuntos con pinturas, en una especie de vallecito, al iniciar las exploraciones arqueológicas se comenzó a utilizar este nombre para referirse a todo el sitio y así prevaleció la designación.