Entre las primeras impresiones registradas sobre el sitio, encontramos las publicadas en 1790 en las Gacetas de Alzate, donde se hace referencia al nombre de Cantona, y no es sino hasta 1855 cuando Henri de Saussure visita la zona y deja asentado que: «Los indios de los alrededores le llaman la ciudad de o del Cantón».
En la Relación Geográfica de Oaxaca se dice que Teozapotlán, que en zapoteco se llama Zaachila, significa “Dios de la Zapoteca”. Fray Juan de Córdova afirma que en la composición intervienen las palabras Zaa, que designa a la primera de las hijas, y chila, nombre del primer día del año ritual (piyé) zapoteco.
Mictlán, que en náhuatl significa “lugar de los muertos”, fue el nombre que dieron los Mexicas a este lugar. El nombre zapoteco es Lyobáa, identificado como “lugar de descanso”, “sepultura”, “tumba”, “lugar abundante en cadáveres” o “cementerio”, por diversos autores.
Algunos investigadores consideran que Lambityeco significa “cerros de alambique” (compuesto por la palabra española alambique y de la zapoteca pytec ´cerros´); otros proponen que se trata de un vocablo zapoteco, ya transformado, equivalente a “loma hueca”. La zona arqueológica de Lambityeco forma parte de un asentamiento mucho mayor, conocido como Yeguih (“cerrito” en zapoteco).
Esta Zona Arqueológica se asienta en un cerro que se conoce como Yucunindaba que en mixteco que significa “Cerro Volado” o “Cerro que Voló”
El toponímico de Guiengola tiene dos significados, el primero derivado de la lengua zapoteca del istmo, compuesto de las palabras guie: piedra y gola: grande o viejo “Roca Grande” y el segundo “cerro grande o antiguo” según Danyroó.
Atzompa, del náhuatl, significa ‘En la cumbre del agua’ (atl ‘agua’; tzontle ‘cabellera’, ‘altura’ y cumbre"; y pan ‘en’ o ‘sobre’).
A finales del virreinato se construyó un rancho vinatero llamado “Boca de Potrerillos” que dio nombre a la zona arqueológica.
Localmente se le conoce como: Los Toriles, nombre del terreno sobre el que se encuentra. De igual forma, el sitio se encuentra registrado en la Dirección de Registro Público de Monumentos y Zonas Arqueológicos bajo el nombre “Los Toriles”.
Guachimontones es una palabra coloquial de la región para referirse a “pirámide” o “estructura”.
Los habitantes del pueblo vecino de Santa Ana Tepetitlán, se refieren a estas ruinas como Iztepéte, que significa “cerro de obsidiana”.
De acuerdo a la interpretación de su glifo, Yautepec significa: en el cerro del yauhtli, de yauhtli=planta silvestre de color amarillo que actualmente se conoce como “pericón”; y tepetl=cerro.
El toponímico de Xochicalco significa: en el lugar de la casa de las flores, compuesto por las palabras nahuas xóchi(tl) flor, cal(li) “casa” y co un locativo “lugar de”.
En referencia al nombre de Tepoztlán, no existe un consenso en referencia al significado de la palabra. Con base en el signo toponímico de Tepoztlán, en el cual aparece un hacha de cobre encima de un cerro, hacha que dicho sea de paso, también porta la divinidad en el códice Magliabechi.
El nombre Teopanzolco es de origen náhuatl y está compuesto por partículas “teopan” que significa templo; “zolli” que significa viejo y “co” que es un locativo, por lo que la palabra Teopanzolco quiere decir “en el templo viejo”.
Es muy posible que este sitio estuviera sujeto a Chalcatzingo, ya que era un centro religioso y comercial de gran importancia en la época.
Olintepec, traducción nahua del glifo que representa al sitio, significa: cerro en movimiento.
Su nombre tiene tres significados de origen náhuatl: el lugar más preciado de los Chalcas, venerado lugar de agua sagrada o de los jades preciosos.
Este importante sitio también se le conoce como Tinganio que en lengua purépecha significa “lugar donde termina el fuego”.
Ihuatzio o Jiuatzio en lengua purépecha significa “en la casa del coyote”. Originalmente el paraje se conocía como Yacatécharo. Se ubica al norte del Estado a 65 km., forma parte del municipio de Tzintzuntzán, el cual limita al norte con Quiroga, al noroeste con Huiramba, al sur con Pátzcuaro y al oeste con Erongarícuaro.
Esta denominación es sólo una referencia local a la apariencia que guardaban las tres principales estructuras arquitectónicas antes de ser exploradas.
Huandacareo (o Guandacareo), es un nombre que deriva del vocablo tarasco (purépecha) Uandakua, el cual tiene diferentes significados, entre ellos: “Lugar de juicios”, “Lugar de oradores” y “Tribunal”. Localmente se conoce al sitio como “La Nopalera”, ya que se sitúa dentro de la colonia que lleva este nombre.
Durante el periodo colonial el sitio fue nombrado San Felipe Calvario, sin embargo, en 1895, fue modificado al sustituirse el apellido «Calvario» por «Los Alzati», en honor a los hermanos José, María, Marcos y Darío, héroes que lucharon heroicamente a favor de la causa republicana durante el imperio de Maximiliano.
Se denominó como Teopantecuanitlán debido a una reunión que tuvieron los pobladores vecinos del sitio para decidir éste. En náhuatl es traducido como “El lugar del templo de los dioses jaguares”.
Su nombre fue puesto por nahuas tras la conquista española y se deriva de las raíces Tetl, -huacalli, -co: El lugar de la caja de piedra; o Téotl, atl, calli, -co: “el lugar de la casa del agua sagrada”.
El sitio recibió el nombre por el poblado aledaño, donde fueron descubiertos monolitos en la primera mitad del siglo XX. Recientemente, en las excavaciones sistemáticas realizadas en el Juego de Pelota en el año 2009, fue develado su nombre original cuando se localizó un grabado identificado en las fuentes del siglo XVI como el topónimo de “Xihuacan”.